首先，生產(chǎn)及配方組成不同。
藥品的生產(chǎn)能力和技術(shù)條件，都要經(jīng)過(guò)國(guó)家有關(guān)部門(mén)嚴(yán)格審查，并通過(guò)藥理、病理和病毒的嚴(yán)格檢查及多年的臨床觀察，經(jīng)有關(guān)部門(mén)鑒定批準(zhǔn)后，方可投入市場(chǎng)。而保健品勿需經(jīng)過(guò)醫(yī)院臨床實(shí)驗(yàn)等便可投入市場(chǎng)。這樣，屬于藥品的必然具有確切的療效和適應(yīng)癥，不良反應(yīng)明確；屬于食品的則不然。
第二，生產(chǎn)過(guò)程的質(zhì)量控制不同。
作為藥品產(chǎn)品（藥字號(hào)），必須在制藥廠生產(chǎn)，生產(chǎn)過(guò)程中的質(zhì)量控制要求很高，空氣清潔度、無(wú)菌標(biāo)準(zhǔn)、原料質(zhì)量等，目前，要求所有的制藥都要達(dá)到GMP標(biāo)準(zhǔn)（藥品生產(chǎn)質(zhì)量規(guī)范）；而作為食品的產(chǎn)品（食字號(hào)），則可以在食品廠生產(chǎn)，標(biāo)準(zhǔn)比藥品生產(chǎn)標(biāo)準(zhǔn)低。
第三，療效方面的區(qū)別。
作為藥品，一定經(jīng)過(guò)大量臨床驗(yàn)證，并通過(guò)國(guó)家藥品食品監(jiān)督管理局（SFDA）審查批準(zhǔn)，有嚴(yán)格的適應(yīng)癥，治療疾病有一定療效；而作為食品的保健品，則沒(méi)有治療作用，僅僅檢驗(yàn)污染物、細(xì)菌等衛(wèi)生指標(biāo)，合格即可上市。
